La principal amenaza de esta especie es la pérdida y la fragmentación del hábitat. La Región de San Martín ha sufrido un intenso proceso de inmigración a raíz de numerosos programas de desarrollo social enfocados al sector agrario, sin tener en cuenta la sostenibilidad de la región. Esto fomentó la deforestación y degradación de los suelos a través de las actividades más importantes: cultivo de arroz, café y cacao, la ganadería y la extracción selectiva de madera.
La deforestación en San Martín se acentuó en las zonas planas, coincidiendo en este caso con el hábitat de la especie. Hasta el 2014 fue la región más deforestada, su alta tasa de deforestación se estima de 40.000-100.000 Has/año, lo que ha provocado la pérdida de aproximadamente el 40 % de su cobertura forestal, hábitat de la especie. El hábitat ha sido reducido a pequeños fragmentos, donde el intercambio genético entre poblaciones aisladas es casi imposible, provocando que la especie sea altamente vulnerable a la extinción.
Otra amenaza para la especie es la caza, bien sea para consumo propio o para venta como mascota. La continua fragmentación del hábitat y el agotamiento de la macrofauna consumida como carne de monte, ha dirigido el consumo ilegal de carne de monte a especies habitualmente no cazadas como el mono tocón de San Martín. Si bien no se trata de una especie destacable fuente de alimento, la fragmentación del hábitat facilita la entrada a los cazadores.